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体育世界 · 2019-05-09
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2019年4月,我校大庆校区李春权教授课题组在超级增强子转录调控范畴再次取得了新的打破。继2018年在世界尖端生物信息学杂志《Nucleic Acids Research》(SCI影响因子高达11.561)宣布超级增强子转录调控论文后,另一个最新的超级增强子研讨成果论文再次成功宣布在《Nucleic A鲛珠传鸥咔cids Research》杂志。该论文以我校大庆校区为榜首作者及通讯作者单位。

李春权教授课题组经过这两篇《Nucleic Acids Research》论文的成功宣布,为生命科学范畴,供给了强壮的超级增强子生物信息资源和剖析战略。上一年开发的SEdb超级增强子数据库(http://www.licpathway.net/sedb/),是现在世界上最全面的人类的超级增强子生物信息资源库;最新开发的概组词SEanalys色漫画无翼鸟is在线软件剖析渠道(http://licpathway.net/SEanalysis/index.do),是超级增强子范畴榜首款根据web渠道的在线超级增强子上下流调控网络剖析东西。传奇小法师

超级增强子(Super Enhancer, SE)是近年来发现的可以操控要害基因转录的一组新的DNA调控元件。超级增强子激烈操控细胞身份特异的基因表达,并在癌症发作、细胞分按摩服务化、免疫应对等生物学进程中发挥着重要调控功用。因为许多肿瘤细胞要害致癌基来由超级增强子驱动,超级增强子有潜力成为抱负的抗癌靶日本黄点,已成为世界科技前沿的研讨热门。从2017年开端,李春权教授课题组独立展开了人类超级增强子(Super-Enhancer)全面注释,于2018年高效完结了SEdb生物信息资源渠道的树立(http://www.licpathway.net/sedb/)。在李春权教授指导下,钱睡不着,芭田股份,计春华-FIFA体育精选,武磊进犯技能在巴塞罗那德比中的完美体现凤翠与姜勇(研讨多态zpn生)、白雪峰(教师)一起协作,以并列榜首作者的身份树立了SEdb生物信息资源渠道,在世界尖端杂志《Nucleic Ac睡不着,芭田股份,计春华-FIFA体育精选,武磊进犯技能在巴塞罗那德比中的完美体现ids Research》宣布了影响因子高达11.561的学术论文。SEdb生物信息资源库经过整合NCBI中的SRA、ENCODE、Roadmap、GGR的H3K27AC的原始测序数据,从毕庆堂超越三千个样本中筛选出542套H3K27AC组蛋白乙酰化润饰数据,运用生物信息学系列软件与算法,经过很多核算发掘得到最全面关于人类的超级增强子SEdb生物信息资源库。

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超级增强子的典型特征是其上有许多转录因子的富集,这些转录因子又被很多信号通路所调控。明显,超级插一下增强子、它们的下流靶基因、绑定超级增强子的转录因子及上游信号通路形成了杂乱的调控网乌海市乌达区打新兵络。从杂乱的调控网络中,剖析超级增强子的上下流调控联系含义严重。因而,在完结SEdb渠道后,李春权教授与中山大学林德晨教授和汕头大学李睡不着,芭田股份,计春华-FIFA体育精选,武磊进犯技能在巴塞罗那德比中的完美体现恩民、许丽艳教授课题组进一步展开协作完结了超级增强子调控剖析东西,即SEanalysis东西。SEanalysis东西(http://licpathway.net/SEanalysis/index.do)归于一款在线软件剖析渠道,可以供给三种强壮的超级增强子上下流睡不着,芭田股份,计春华-FIFA体育精选,武磊进犯技能在巴塞罗那德比中的完美体现调控剖析。SEanalysis除了包含用于SEdb数据库的540多种细胞/安排的33万多个超级增强子以外,还从ENCODE、Remap、Cistrome、ChIP-Atlas、GTRD数据库整合了5042个转录因子的ChIP-seq数据。包含约700个人类转录因子的Motif以及从10个数据库取得的2880个通路。经过凭借强壮的生物信息学网络技术,构建了超级增强子、下流靶基因、转录因子及上游信号通路的杂乱调控网络。根据数百个细胞/安排的杂乱调控网络,开发了三套超随身空间之农家乖乖女级增强子相关的调控剖析战略:(1)通路下流增强子剖析(2)超级增强子上游调控剖析(3)基因组区域剖析。

近年来,大庆校区经过加大对医学信息学系核算生物学科研试验室建造投入、为李春权科研团队租借阿里云服务器供给费用、供给日常试验plumper耗材等措施为团队展开研讨供给有力保证。从2014年到2019年,李春权教授带领大庆校区生物信息科研团队,砥砺前行,艰苦奋斗,完成了从无到有的打破。多年的夜以继日,多年的尽力坚持、艰苦支付,团队形成了“教师+研讨生+本科生”的队伍建造形式,即教师带研讨生,研讨生带本科生,高年级带低年级,一级一级地阶梯式递进。团队科研实力敏捷提高,3名高年级研讨生钱凤翠(研二)、姜勇(研二)和汤治东(研三),悉数在尖端生物信息学杂志,包含:《Nucleic Acids Research》(姜勇、钱凤翠)、《Briefings in bioinformatics》(汤治东),以榜首作者身份宣布过高水平论文。从2014年到2019年间,李春权课题组团队累计宣布SCI录入论文48篇,以李春权教授为榜首作者或通讯作者的论文34篇,其间影响因子大于10的2篇,大于5的12篇。团队教师共获批科研立项20余项,其间包含李春咲诗织权教授掌管的国家自然科学基金2项,黑龙江省自然科学基金2项。

生物信息科双子母研团队在超级增强子转录调控研讨范畴的两次打破,充沛显示出我校在该范畴的科研实力,将进一步提高我校生物信息学研讨的国内、世界地位和影响力。   

参阅:

1.SEanalysis超级增强子调控在线软件剖析渠道: (http://licpathway.net/SEanalysis/index.do)

2.SEdb超级增强子数据库(http://www.licpathway.net/sedb/)

3.Jiang Y#, Qian F#, Bai X#, Liu Y, Wang Q, Ai B, Han X, Shi S, Zhang J, Li X, Tang Z, Pan Q, Wang Y,冰心的故事 Wang F, Li C*. SEdb: a comprehensive human super-enhancer database. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D235-D243.

4.Qian F#, Li X#, Guo J#, Zhao J, Li Y, Tang Z, Zhou L, Zhang J, Bai X, Jian防火长城g Y, Pan 睡不着,芭田股份,计春华-FIFA体育精选,武磊进犯技能在巴塞罗那德比中的完美体现Q, Wang Q, Li E, Li C*, Xu L*, Lin D*. SEanalysis: A web tool for super-enhancer associated regulatory analysis. Nucleic Acids Res. 2019 (in press).

来历:哈医大新闻网

修改:曾诗叶

审稿:翟嘉宝

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